Наруто и ниндзя деревни Листа отгоняют группу Белых Зецу, изображающих из себя падших членов Акацуки. Наруто чувствует себя одиноким, видя впечатленных родителей своих друзей, хотя Сакура ссорится с ними. Позже, когда Сакура использует Наруто в качестве предлога, чтобы сбежать от родителей после того, они сталкиваются с Тоби, который подвергает их Бесконечному Цукуёми. Наруто и Сакура попадают в основанную на гендзюцу реальность, наполненную полярными противоположностями их друзей, которые отражают их желания: Саске остается в деревне, родители Наруто живы, а родители Сакуры мертвы уже много лет. Герои также узнают о ниндзя в маске, атакующем Джинчурики, который охотится за Свитком Красной Луны, ради которого пожертвовал своей жизнью Джирайя, бывший учитель Наруто…
Самым загадочным человеком в маске оказывается Учиха Мадара, и теперь он готов открыто заявить о своих планах по захвату девятихвостого. Проникнув в Коноху, он погружает всех в параллельную реальность с помощью техники «Цукиёми», где история развивалась совершенно иным путём. Наруто предстоит нелёгкий выбор, ведь здесь его семья оказывается жива.