Двум солдатам приказано перевезти специальные боеголовки, созданные компанией MARS, контролируемой Джеймсом Маккалленом. Когда на них нападают воры, их спасает секретное международное подразделение специального назначения, известное как «Джи-Ай Джо». Лидер команды, генерал Абернати, идет по следу воров – злой организации под названием «Кобра». Пока герои тренируются, чтобы присоединиться к отряду, выясняется, что Маккаллен тайно работает на Кобру и замышляет вернуть свои поедающие металл боеголовки «Наномит». Теперь герои должны остановить запуск этих боеголовок до того, как Кобра использует их, чтобы захватить мир…
Базирующееся в Европе высокотехнологичное международное военное подразделение, известное как G.I.J.O.E., бросает вызов зловещей корпорации, руководимой знаменитым оружейным бароном.