Действие фильма происходит в мрачной антиутопии, когда Земля стала непригодной для жизни после катастрофы. Группа оставшихся в живых находится в огромном подземном комплексе. Все, чем они занимаются изо дня в день, – это монотонная работа. Однако у них есть стимул: в комплексе проводится регулярная лотерея, и, выиграв, человек может покинуть объект и переехать на райский Остров. Один из рабочих, Линкольн-Шесть-Эко, увлечен девушкой по имени Джордан-Два-Дельта. Когда она выигрывает в лотерею, это побуждает Линкольна начать расследование, в процессе которого он раскрывает шокирующую правду об Острове и своих начальниках…
Середина XXI века. Линкольн Шесть-Эхо живет в подземном бункере вместе с другими людьми, выжившими после некой глобальной катастрофы. Как и все остальные, Линкольн лелеет надежду оказаться в числе "избранных", которым предоставляется возможность попасть на "Остров" (такое название дали тому месту на планете, которое не подверглось заражению). Однако вскоре до Линкольна доходит, что те, кто живет в бункере, это клоны, служащие "запчастями" для людей, живущих на "Острове". Понимая, что такая же участь ждет и его, Линкольн решается совершить побег вместе с очаровательной Джордан Два-Дельта. Преследуемые сотрудниками зловещего института, где осуществляются бесчеловечные замыслы, беглецы ведут отчаянную борьбу за свою жизнь и стремятся добраться до своих "создателей".